FASTA algoritmi 1980-yillarda William R. Pearson va David J. Lipman tomonidan ishlab chiqilib, an'anaviy dinamik dasturlash usullariga nisbatan tezkor lokal ketma-ketlik moslashuvini ta'minladi. U qidiruvni tezlashtirish uchun k-mer/hash asosiy qadamlar, yadro topish va lokal optimallashtirishdan foydalanadi. FASTA katta biologik ma'lumotlar bazalarini tez tekshirish, homologi aniqlash va gen omikasida annotatsiya uchun asosiy rol o'ynadi va keyinchalik BLAST kabi usullar uchun nazariy asos bo'ldi