1960-yillarda Baltimore klassifikatsiyasi viruslarni ularning genomining RNK yoki DNK tuzilishiga va replikatsiya mexanizmiga asoslanib 7 guruhga ajratdi. 1970-yillardan boshlab, molekulyar biologiya yutuqlari tufayli, taxminan 10000 dan ortiq viruslarning genetik ketma-ketligi o'rganildi va bu yangi, filogenetik klassifikatsiya tizimlarining rivojlanishiga olib keldi. Dastlabki viruslarni tasniflash asosan ularning morfologiyasi (shakli va o'lchami) va mezbon organizmlarga (bakteriyalar, o'simliklar, hayvonlar) ko'ra amalga oshirilgan, bu esa 20-asr boshlarida ancha sodda edi.