Файзулла Ходжаев родился в 1896 году в Бухаре. Происходил из богатой купеческой семьи. Получил начальное образование дома, затем обучался в медресе. В 1912 году отправился в Москву, где поступил в Коммерческое училище. В 1916 году вернулся в Бухару и активно участвовал в реформаторских движениях