Qo‘qon xonligining ijtimoiy tuzilishi qat’iy tabaqalashtirilgan edi. Jamiyat quyidagi asosiy qatlamlardan iborat bo‘lgan: 1.Hukmdor tabaqasi – Xon va uning oilasi, shuningdek, davlat boshqaruvidagi yuqori mansabdorlar (qozikalon, devonbegi, ataliq, mingboshi, parvonachi va boshqalar). Xon mutlaq hukmron bo‘lib, barcha muhim qarorlarni qabul qilgan. 2.Diniy ulamolar va sud tizimi vakillari – Ular shar’iy sud ishlarini olib borar, shariat qonunlariga asoslangan hukmlar chiqarar edi. Ulamolar xonlikda muhim ijtimoiy va siyosiy rol o‘ynagan. 3.Harbiy tabaqa – Asosan qo‘shinning yirik sarkardalari va oddiy askarlardan iborat bo‘lib, xonlikni tashqi va ichki tahdidlardan himoya qilishda asosiy kuch bo‘lgan. 4.Savdogarlar va hunarmandlar – Shahar hayotining muhim qismi hisoblangan. Qo‘qon, Marg‘ilon, Andijon, Namangan kabi yirik savdo va hunarmandchilik markazlarida to‘qimachilik, kulolchilik, metallurgiya, yog‘ochsozlik rivojlangan. 5.Dehqonlar va chorvadorlar – Jamiyatning eng katta qismini tashkil qilgan. Dehqonchilik Farg‘ona vodiysining unumdor yerlarida rivojlangan bo‘lib, sug‘orma dehqonchilik keng tarqalgan. Chorvadorlar esa asosan vodiyning tog‘li va cho‘l hududlarida yashagan. 6.Qullar va tobe xalq – Xonlikda asosan urushlarda asir olingan odamlar qullikda saqlangan. Shuningdek, qozoq, qirg‘iz, turkman kabi ko‘chmanchi qabilalar xonlikka bo‘ysundirilgan va ular xonga soliqlar to‘lab turgan.