Molekulalarni klassik modelini tasvirlashda, 3 o'lchovli Dekart koordinata sistemasidan foydalaniladi, bu yerda har bir atomning o'rni 3 ta raqam (x, y, z) bilan aniqlanadi, masalan, suv molekulasi (H₂O) uchun 3 ta atomning koordinatalari aniqlanadi. Klassik model, molekulada atomlar orasidagi bog'lanishlarni 10⁻¹⁰ metr atrofidagi masofalar bilan ifodalaydi va bu bog'lanishlarni baholashda potentsial energiya funksiyalari, xususan, Lennard-Jones potentsiali keng qo'llaniladi. Molekulaning klassik modeli, masalan, metan (CH₄) molekulasini modellashtirishda, tetraedr geometriyasini va uglerod atomining 4 ta vodorod atomi bilan bog'lanish burchak